Пигменты цветков - флавоноиды, соединения, в которых два ароматических кольца связаны между собой трёхуглеродным фрагментом.

Флавоноиды присутствуют у всех покрытосеменных, также встречаются в сосудистых растениях, у водорослей и животных. В листьях они задерживают ультрафиолетовую радиацию, разрушительно действующую на нуклеиновые кислоты и белки, и обычно избирательно поглощают сине-зелёные и красные лучи, которые важны для фотосинтеза.

Один из крупнейших классов флавоноидов - антоцианы, играет ведущую роль в определении окраски цветков. К ним относится большинство красных и синих растительных пигментов.

Три антоциана: Пеларгонидин (красный), Цианидин (фиолетовый), Дельфинидин (синий) - основные пигменты, от которых зависит окраска цветка многих покрытосеменных. У всех покрытосеменных характерная пигментация цветка зависит от смешения в разных пропорциях флавоноидов и каротиноидов, клеточного рН, а также структурных, то есть отражательных, особенностей тканей.

Изменение окраски цветков является "сигналом" для опылителей, сообщающим о том, какие цветки раскрылись недавно, то есть с большей вероятностью содержат пищу.

Яркая осенняя окраска листьев связана с превращением больших количеств бесцветных флавонолов в антоцианы при разрушении хлорофилла.